有机肥生产的原料多种多样，发酵前期原料处理的好坏，将直接影响到后续的生产。因此，发酵前期处理要因原料而异，针对不同的物料选择不同的工艺及有机肥加工设备。
有机肥加工设备粉碎机
有机肥厂一般都建在离原料供应不远的地方，有其主要原料的来源，根据原料的性状，选择不同的粉碎机进行有机肥发酵前的处理。大部分有机原料是含水率较高和易结团的物料，如各种废渣、部分禽畜粪便，以及污泥等，而需要粉碎的原料含水率较低。这些物料粉碎时不能粉碎过细，否则会影响发酵物中的氧气流通。
对于长纤维类的物料，如秸秆等，可以采用常规的秸秆粉碎机粉碎。粉碎时可调大筛孔，无需粉碎得过细，以满足发酵粒度要求即可；也可采用一般的切草机将其切断成约寸长的碎片发酵。
对于粮食加工后的废弃物，如稻壳、玉米棒、饼粕类等物料，因其含水率较低，可采用一般的锤片粉碎机就能达到满意的效果。
对于新鲜木质类，如修剪后的树枝、花草等，则需专用的树枝粉碎机；干木质类则可采用木材粉碎机。
有机肥加工设备翻抛机
有机原料如动物粪便，本身具有高湿和粘结性，而辅助物料秸秆等比较干、轻，各种物料的含水率和密度相差悬殊，所以有机肥发酵时需将各种物料搅拌均匀。工厂化生产通常选择在发酵槽翻堆物料，使用有机肥翻抛机既减少了发酵前的处理工序，又有利于有机肥在发酵时得到充足的氧气，增加物料与空气的接触面积，使物料翻抛均匀。
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